Quintanas Rubias de Arriba surge como poblado gracias a la permanencia de sus aguas , sobre todo el manantial del Barranco, a sus fértiles terrenos próximos y a los abundantes pastos.
Puede asegurarse que la zona estuvo ya poblada en las épocas paleolíticas, hace unos veinte mil años. Posteriormente, se cultivaron nuestras fincas desde el periodo neolítico. Y debimos ser familia arévaca, poblado celtíbero, etc. Después, influyentes godos.
No obstante, los restos arqueológicos hallados hablan con claridad de un asentamiento romano entre Uxama, Gormaz y Termes, en la época de la floreciente Clunia. De este asentamiento deriva nuestro primer nombre, Quintana, de quinta. Quintanas, de ser dos comunidades próximas entre sí. Rubias parece ser adjetivo equivalente a rojas, sea por las piedras, tierras y colores de atardeceres sobre la peña de ese nombre o por la propia Muela. Arriba, por su ubicación respecto de la otra Quintana Rubia.

Durante la Edad Media sabemos que se construyeron en los alrededores atalayas de comunicación y vigilancia (Torrecilla) y se utilizaron registros de deslinde, de origen celtíbero, romano, musulmán o cristiano (Mojon Blanco, Mojon del Gobernador). Desde la línea aproximada de la calzada romana que abarca la zona de las dos Quintanas Rubias parece ser que los árabes permanecieron hacia el sur unos ciento cincuenta años más que en nuestros pueblos. A mediados del S. X, bajo la dirección del Conde Fernán González, se crea la confederación de Comunidades de Villa y Tierra conocida como Las Tres Casas de la Olmeda: Osma, Gormaz y San Esteban. Quintanas Rubias de Arriba queda incluida en ella como Villa Independiente colindante con las de Fresno, San Esteban y Ayllón (Sexmo de Liceras). Finalmente, con la formación de las Diócesis de Osma i Sigüenza, en el reinado de Alfonso VI, se incorpora a la Extremadura Castellana.
Nuestro archivo histórico comienza con el desarrollo de la Edad Moderna. Disponemos de registros escritos desde la época de Felipe II. En los mismos figura el catastro del Marqués de la Ensenada del S.XVIII, y su posterior reforma en el S.XIX .

No hace ni 100 años que el pueblo contaba con alrededor de 200 habitantes, con su concejo y su secretario, juzgado, maestro, cura y médico residentes ejerciendo sus labores de manera permanente. Era una comunidad dedicada básicamente al cultivo del cereal, complementado con el cultivo de la hortaliza en las pequeñas zonas de riego, pastoreo de ganado lanar, etc.

Quintanas Rubias de Arriba, Villa, vivió en el último siglo la intensa transformación social y económica. Tuvo buenos funcionarios públicos que promocionaron la cultura y el saber, y arrojo para ir a buscar mejor suerte en otras tierras españolas y extranjeras.