Se distingue la religión minoica por su naturalismo, que es continuador de las tradiciones neolíticas. El centro de toda la reflexión religiosa parece situarse en la creencia en una divinidad femenina, la Gran Diosa Madre, que tanta trascendencia habría de alcanzar en los más dispersos lugares del Mediterráneo. En las tablillas cretenses y micénicas escritas en Lineal B, que han podido ser traducidas por los investigadores gracias a los trabajos de Michael Ventris, se denominaba a esa gran diosa, respetuosamente, como "la Señora", apelativo que al igual que nuestras vírgenes católicas recibía diversas advocaciones: la Señora de Asia, de los Marjales, de los Caballos, de las Mieses,......

En Cnosos, en concreto, se han encontrado varias tablillas que hacen referencia a la Señora del Laberinto, que tendría adscritos para su beneficio diversos rebaños de ganado y las ganancias que los mismos producían, en tanto que de las Señoras micénicas, de las que se conservan más documentos, se ha podido conocer que llegaron a ser, incluso, dueñas de la vida económica de aldeas enteras, poseyendo, además de ganado, industrias de fundición de metal, talleres de perfumes, etc. En Creta se nos han conservado, como ejemplares más destacados de su plástica, algunas representaciones femeninas conocidas como "las Diosas de las Serpientes", que probablemente vienen a representar a esa gran Señora en alguna de sus advocaciones concretas.

Ante las Señoras cretenses y sus continuadoras micénicas, que llegan incluso a ser representadas en los frescos micénicos adornadas con el típico tocado minoico, asistimos, como argumentan Martín S. Ruiperez y José Luis Melena, a un sincretismo minoico-micénico que no es sino continuador del culto a la vieja Madre Tierra, la Gran Diosa del Mediterráneo.

Con respecto al lugar en donde se llevaban a cabo los cultos religiosos se han identificado varios de ellos a través de estudios arqueológicos en los que se ha detectado la abundancia de exvotos, fundamentalmente figuritas de terracota, que los fieles depositaban en esos lugares sagrados, del tipo de grutas o cuevas, fundamentalmente. Destaca como santuario la cueva de Camares, en el monte Ida, como ejemplo más sobresaliente. La abundancia de vestigios de cerámica en ese lugar dio, incluso, esa denominación al estilo en que la misma estaba decorado. Sin embargo, diversos investigadores han venido manteniendo que la religión minoica no descansaba, únicamente, en la existencia de esos lugares sagrados, sino que los propios palacios podrían haber sido, realmente, templos o santuarios.

Cuando Evans excavó en Cnosos ya pensó que ese lugar, probablemente, había sido la residencia de un Rey-Sacerdote, ya que era consciente de que abundaban más las manifestaciones de tipo religioso que las puramente políticas o militares. Es destacable, en ese sentido, que los palacios minoicos se caracterizan por no contar con murallas defensivas, lo que tradicionalmente se había explicado argumentado que Creta no las precisaba ya que su condición insular y su potente flota de guerra impedían cualquier posible invasión procedente del exterior.

Para D. Faure, incluso, los monarcas minoicos no habrían residido en los palacios, que habrían sido santuarios o monasterios, sino en otras edificaciones más modestas que la arqueología ha detectado en sus inmediaciones. Es el caso del denominado "Pequeño Palacio", de Cnosos, o de la Villa de Hagia Triada, en Faistos. Nos encontramos ante una cuestión polémica, no decidida en estos momentos, pero que sin duda tiene una importancia vital, en la medida en que si se admite que los palacios eran realmente santuarios se nos estaría rebelando el inmenso poder que los sacerdotes de esos templos habrían ejercido sobre la sociedad y la economía de Creta. El "Pequeño Palacio" de Cnosos, que podría haber sido la residencia efectiva de Minos, estaba separado unos 1000 metros del palacio principal y unido a él gracias a la existencia de una calzada pavimentada. Aquí fue donde se encontró el celebre vaso de esteatita que reproduce en su forma la cabeza de un toro, cuyos cuernos están recubiertos con láminas de oro.