Las parcelación no es un hecho histórico en Medina Azahara. El incremento de edificaciones ilegales en el entorno del yacimiento se produjo entre los años 1996 y 1999, justo el periodo de elaboración del Plan Especial de Protección (PEP) por parte municipal y cuya aprobación definitiva data de noviembre de 1998. 

Según un informe facilitado por la Oficina Técnica del PEP de Medina Azahara a el Día, en 1996 -año en el que se aprueba inicialmente el plan- sólo existían 47 viviendas. Esta cifra se elevó a 216 en 1999, lo que supuso un incremento de casi el 360 por ciento. De hecho, la primera denuncia interpuesta por el conjunto arqueológico ante la Gerencia de Urbanismo se registró el 10 de noviembre de 1994, año en el que sólo había ocho viviendas localizadas en la parcelación Córdoba La Vieja. En esa primera denuncia se informó al Ayuntamiento de Córdoba del inicio de los trabajos de construcción de caminos y de la división en parcelas de la que luego sería la urbanización de Las Pitas.

Para la Oficina Técnica del PEP, este alarmante incremento es fruto de la "pasividad, inactividad y ausencia total de una adecuada labor de control y disciplina urbanística" del Ayuntamiento de Córdoba, gobernado entonces por el PP del alcalde Rafael Merino. Es más, en el año 1999 la oficina técnica elaboró un catálogo de las distintas edificaciones que había en el entorno, documento que, junto con las denuncias interpuestas, fue remitido a la Gerencia de Urbanismo, sin que este organismo paralizara ninguna de ellas.

El informe insiste en que los terrenos sobre los que se ubican estas parcelaciones -La Gorgoja II o Jardines de Azahara, Las Pitas, Córdoba La Vieja y Dehesilla del Hornillo- estaban afectadas por esa especial protección. Sin embargo, estas urbanizaciones han ido creciendo de forma "escandalosa" en los últimos años.

Entre los años 1999 y 2002, el incremento en la edificación decrece de forma notable, según la documentación facilitada por la Oficina Técnica. En este periodo de tiempo caben destacar dos fechas claves: mayo de 2000 y marzo de 2001, años en los que ya gobernaban en coalición IU y PSOE. La primera fecha hace referencia a la segunda información pública del Plan General de Ordenación Urbana (PGOU), tras su aprobación inicial, un documento en el que las parcelaciones situadas en el entorno del yacimiento arqueológico son calificadas como "ámbitos en los que debido a su situación urbanística y ambiental es necesario paralizar y erradicar". Sin embargo, en marzo de 2001, fecha de aprobación provisional del PGOU, los responsables de la Gerencia, con el socialista José Mellado al frente, modifican el tratamiento dado a estas zonas y abre la puerta a una regularización mediante los Planes Especiales de Mejora del Medio Rural y Saneamiento. Pero esta propuesta del gobierno municipal iba a quedar en suspenso tras la publicación de la resolución de la Consejería de Obras Públicas por la que se aprueba definitivamente el PGOU de Córdoba -21 de diciembre de 2001-. Este texto introduce un gran cambio, puesto que indica que el tratamiento dado a estos núcleos de población localizadas al norte, al sur y al oeste del yacimiento cultural "contraviene el contenido de la resolución de la Dirección General de Bienes Culturales". De nuevo, y como registró la aprobación inicial del PGOU de mayo de 2000, las urbanizaciones de Córdoba La Vieja, Cercado de Las Pitas, La Gorgoja II y Dehesilla del Hornillo volvían a ser ilegales.

Hasta esa fecha, las competencias para ejecutar el PEP recaían en el Ayuntamiento. Sin embargo, en el año 2002, y ante "la dejadez municipal en el control de esas parcelaciones ilegales", la Junta inicia el expediente para ampliar la delimitación de Bien de Interés Cultural (BIC) de Medina Azahara, limitada sólo al entorno del yacimiento arqueológico hasta el canal del Guadalmellato -dejando sin incluir las cuatro parcelaciones-. En julio de 2003 entra en funcionamiento esta ampliación en el se engloban todas esas urbanizaciones irregulares -el límite se sitúa ahora hasta la carretera de Palma-. A partir de ahí, las competencias se reparten entre la Administración municipal y autonómica. Entre 1999 y 2002, antes de esta ampliación, surgen 28 nuevas edificaciones.