La causa profunda que motivó a mediados del siglo IX esta esplendorosa oleada de petición voluntaria de martirio de los mozárabes no fue otra sino la toma de conciencia por los predicadores cristianos de que el proceso de islamización de la sociedad avanzaba de manera imparable. Exaltados por la palabra de clérigos como Eulogio y Alvaro los mozárabes insultaban públicamente a Mahoma y ello se traducía en su inmediata detención. Los calabozos de la ciudad, donde yacían amontonados los confesores de la fe cristiana, resonaban en himnos eclesiásticos y allí, en la prisión, el propio Eulogio, gran cultivador del heroísmo, habría de escribir el Documento Martirial para esforzar a las vírgenes Flora y María, también presas, en el tremendo sacrificio de la muerte.

En su Indiculus luminosus, escrito en el año 854, Alvaro de Córdoba recogía su preocupación por el problema que para los cristianos mozárabes suponía la progresiva islamización de la sociedad. En su vida cotidiana los jóvenes mozárabes, de manera paulatina, estaban abrazando las costumbres de los invasores, negándose, por ejemplo, a comer carne de cerdo, o haciéndose circuncidar, en tanto que sus mujeres, al igual que las musulmanas, se tapaban la cara al salir a la calle. Era, además, la cuestión de la lengua y la escritura la que producían hondo pesar en Alvaro. "Entre la gente de Cristo -dirá este confesor cristiano- apenas hallarás uno por mil que pueda escribir razonablemente una carta a su hermano, y, en cambio, los hay innumerables que os sabrán declarar la pompa de las voces arábigas y que conocen los primores de la métrica árabe mejor que los infieles".

Tras la muerte de San Eulogio, en el año 859, el declive de la comunidad mozárabe fue imparable. El cristianismo se fue debilitando numéricamente por las conversiones y culturalmente por la arabización y la creciente presión del Islam, pero, además, muchos de sus seguidores, entre ellos comunidades monásticas en bloque, decidieron trasladarse, sobre todo en los inicios del siglo X, a las nuevas tierras que los monarcas cristianos del norte estaban arrancando al Islam en el valle del Duero y que por esos años estaban siendo repobladas. Fueron tiempos en que las crónicas musulmanas nos hablan de años de intensas sequías y hambre atroz en Córdoba, lo que, probablemente, obligó a muchos mozárabes a emigrar por razones de pura supervivencia. A modo de ejemplo, por Ibn Idari sabemos que en el año 303 del Islam (915-916) hubo en al-Andalus una gran hambre, alcanzando la miseria de la gente extremos jamás conocidos. En ese año, literalmente, "las epidemias se cebaron en los pobres y resultó imposible enterrar a todos los muertos".