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Lo que no es esta ayudaEste pequeño manual no describe cómo se realiza una filogenia, ni los requisitos para hacerla, ni siquiera cómo funcionan los diferentes programas de Phylip. Este documento intenta explicar cómo funciona PhylEdit y se asume que el lector conoce los diferentes programas de Phylip, sus opciones y los requerimientos que tiene cada uno de los módulos Phylip. En el menú ayuda se han incluido enlaces a las páginas de Phylip y TreeView donde están explicados los funcionamientos de cada programa. Respecto a si publicaré en la web cómo se hace una filogenia, cómo se usan los programas de Phylip, la diferencia entre Penny y Dolpenny (por decir algo) y otras cosas que quizás interesen más al lector que lo actualmente expuesto, la respuesta es SÍ. Lo que no puedo asegurar es el cuándo... quizás cuando la versión 3.6 deje de ser alfa y pase a beta o definitiva... Espero que quedará listo antes de que finalice el año 2004... ó 2005 (el tiempo vuela). JustificaciónCuando se busca un programa de inferencia filogenética se llega a la conclusión de que únicamente Phylip (http://evolution.genetics.washington.edu/phylip.html) está al alcance de cualquier investigador por ser de distribución libre y disponer de la capacidad y versatilidad suficientes para cubrir la mayoría de los requerimientos de un estudio filogenético. El número de programas que trazan filogenias es bastante numeroso , puede verse una lista considerablemente exhaustiva en http://evolution.genetics.washington.edu/phylip/software.html, pero muy pocos son los que no requieren el pago de una u otra cantidad de dinero y, sin lugar a dudas, de todos ellos Phylip está a la altura de los mejores. Por este motivo me interesé desde un principio por este programa (o, con más propiedad, este conjunto de programas). Lo que me llamó la atención desde un principio es la fragmentación de todos sus módulos donde, especialmente en la versión 3.5, la introducción de datos tenía requerimientos distintos, por lo que se hacía difícil la elaboración de los datos. La versión para Windows funciona bajo MD-Dos y no se proporciona ningún editor de datos por lo que éstos han de ser elaborados, en un principio, a mano con un editor de texto simple. La automatización de Phylip tampoco es sencilla debido a que las opciones de los menús deben colocarse igualmente en archivos de texto simple y, según las condiciones iniciales como la presencia o ausencia de archivos de resultados anteriores, el mismo archivo de automatización no sirve de una vez para otra (aunque no hayamos cambiado ni una sola de las opciones de ejecución). Estos motivos me sirvieron de aliciente para intentar la elaboración de un programa basado en Windows que hiciese el uso de Phylip más sencillo, intuitivo, amigable y eficaz. Este programa, PhylEdit, creo que cumple los requisitos básicos para poder usar varios de los programas de Phylip de una forma que facilita enormemente su uso, especialmente para la "generación del ratón" con la que, además, me siento plenamente identificado. Descripción del programaPhylEdit trabaja con varios de los programas para caracteres discretos de inferencia filogenética Phylip (http://evolution.genetics.washington.edu/phylip.html). En su versión actual estos programas son:
El núcleo fundamental del programa está formado por el editor del archivo de introducción de datos ('infile') que crea un archivo estándar para ser usado directamente por Phylip. Tanto al abrir como al guardar 'infile' se realiza una búsqueda de errores que minimicen los problemas posteriores al ejecutar alguno de los módulos. Otro de los aspectos importantes de PhylEdit reside en la elección de opciones para ejecutar cada uno de los módulos Phylip. Estas opciones se almacenan en archivos con extensión 'opt' (dos por cada módulo, uno para uso de PhylEdit y otro para uso de Phylip) y se guardan y cargan automáticamente cada vez que se inicia el PhylEdit, se ejecuta algún módulo de Phylip o se modifican en la ventana de opciones Phylip. Desde el mismo PhylEdit se pueden examinar los resultados del archivo 'outfile' (donde se escriben diferentes resultados y los árboles) y 'outtree' (donde se almacenan, en notación parentética, los árboles obtenidos). En la versión 1.1 se ha incluido la visualización gráfica de los árboles mediante el uso del programa externo (igualmente de libre distribución) TreeView (http://taxonomy.zoology.gla.ac.uk/rod/treeview.html). Esto hace de la terna Phylip, PhylEdit, TreeView una completa suite de inferencia filogenética para datos discretos. La ventaja de PhylEdit reside en que unifica su funcionamiento por lo que el usuario trabaja con ellos como si de un mismo programa se tratase. LimitacionesPhylEdit únicamente trabaja, por el momento, con los programas para datos discretos indicados en el apartado anterior de la versión 3.6 alpha 3 ( y superiores, cuando se publiquen) de Phylip. El editor no admite el trabajo con múltiples conjuntos de datos, debiéndose limitar cada archivo 'infile' a un único conjunto de datos. Los datos deben estar escritos de forma secuencial, no permite el formato 'interleaved' Admite un máximo de 348100 datos (Taxones x Caracteres). Por ejemplo, con 500 especies se podrían usar un máximo de 696 caracteres. Con 100 especies 3 481 caracteres, etc. Los archivos 'infile' generados por PhylEdit que contienen Ancestors, Weights o Mix no son válidos para CLIQUE y FACTOR ya que estos programas utilizan el sistema antiguo de Phylip que es diferente al actual. No obstante, si es necesario, los archivos 'infile' se pueden manipular directamente desde la pestaña PHYLIP!
Opciones de PhylEdit La primera vez que se ejecuta PhylEdit es
necesario indicar algunas opciones básicas sin las cuales no podría funcionar
correctamente. Las opciones se activan pulsando sobre "Herramientas,
Opciones de PhylEdit" o bien, directamente sobre el siguiente icono
Encabezamiento: Cada taxón debe llevar un nombre. Cuando se crea un archivo nuevo o, si ya existe, se rellenan los nombres de los taxones presentes mediante el botón de relleno automático, el programa asigna a cada taxón el prefijo indicado aquí (por defecto "TX") seguido por un número. Por supuesto estos nombres se pueden asignar manualmente de forma individual a cada uno. Datos iniciales: Cuando se abre un archivo nuevo (o la primera vez que se inicia PhylEdit) aparece con un determinado número de taxones y caracteres. Con esta opción se pueden modificar los valores por defecto que son 3 para cada uno. Cargar infile automáticamente del directorio Phylip: Cada vez que se inicia PhylEdit, éste busca el archivo infile del directorio donde se encuentra Phylip y lo carga. Pedir confirmación al eliminar archivos: Hay determinadas acciones que precisan borrar los archivos, si se marca esta opción se pedirá confirmación por parte del usuario. Otras acciones de borrado no se preguntan nunca, por ejemplo al guardar las opciones de PhylEdit, las de Phylip y otros archivos de uso interno que serán detallados posteriormente. Minimizar PhylEdit al ejecutar: Al ejecutar cualquiera de los programas de Phylip, PhylEdit se minimiza y se vuelve a restaurar automáticamente cuando termina, también se abre el archivo 'outfile'. Si Phylip produce algún error el programa no se restaurará y habrá que hacerlo manualmente. Se ha incluido esta opción para ver la evolución de Phylip cuando hay datos que tardan un tiempo considerable en ser procesados. Vía de acceso a los programas de Phylip: Es imprescindible indicarle a PhylEdit donde se encuentran los módulos de Phylip, para ello hay que pulsar el botón "Cambiar" y navegar hasta su situación. Los diferentes programas de Phylip deben encontrarse en la misma carpeta. Vía de acceso a los programas de TreeView: Igualmente hay que indicar la situación de TreeView en el disco duro. Habitualmente se encuentra en "Archivos de Programa\Rod Page\TreeView" Prioridad de PhylEdit: El programa rastrea continuamente la existencia de numerosos archivos. En ordenadores lentos puede provocar un enlentecimiento general de Windows por lo que en estos casos se puede poner prioridad media o baja. No se recomienda hacer esto a no ser que realmente se note una disminución del rendimiento del ordenador (cosa que no ocurre con los ordenadores actuales, sólo con los más antiguos). Comprobar automáticamente la existencia de archivos necesarios para PhylEdit: El programa rastrea continuamente la existencia de determinados archivos. Por ejemplo, infile, outtree, outfile, los diferentes módulos de Phylip, etc. Es necesaria esta comprobación automática ya que no hay otro modo de reconocer la existencia de los archivos generados por Phylip que son creados y destruidos por él mismo. Esta opción debe estar habitualmente marcada ya que de este modo se asegura que PhylEdit funcionará de forma eficiente. Únicamente en el caso de que Phylip se encuentre en disquetes puede desmarcarse ya que se ha comprobado que esta exploración provoca que el disquete no cese su actividad por lo que puede ser molesto para el usuario. La desactivación de esta característica impedirá la detección de los archivos por lo que pueden producirse mensajes de error por parte del programa al intentar abrir archivos inexistentes. Errores que por otro lado están contemplados en su mayoría y que únicamente suponen una fuente de molestias para el usuario. Si se desmarca esta opción volverá a aparecer activada la próxima vez que se inicie PhylEdit. Restablecer las opciones por defecto de Phylip: Vuelve a las opciones generales del programa.
DatosSi existe el archivo 'infile' puede abrirse directamente del directorio Phylip (Archivo, Abrir infile (directorio Phylip) o pulsando CTRL+I) o de cualquier otro directorio (Archivo, Abrir; también pulsando CTRL+A o el botón correspondiente de la barra de herramientas). Infile puede tener cualquier otro nombre, no únicamente éste. Si se empieza una matriz de datos nueva en primer lugar hay que definir el número de taxones que comprende así como el número de caracteres. Esto se hace donde pone "Definición de grupos y caracteres"
Los nombres de los taxones se rellenarán automáticamente (según lo indicado en las Opciones anteriormente explicadas) pero se pueden modificar manualmente. Para renombrar los taxones únicamente hay que pulsar en cualquier punto de la matriz de datos de uno de ellos y modificar el nombre que aparece en "Nombre de los grupos". Al pulsar "Intro" ("Enter") se podrá cambiar el nombre del taxón que está bajo el anterior. De este modo modificando el primero es posible cambiar los siguientes de forma relativamente sencilla. El botón "Relleno automático" reemplazará los nombres actuales por el prefijo indicado en las opciones y un número que se incrementa secuencialmente. "Otras opciones": Aquí es posible especificar la definición de estados ancestrales (Ancestor), el uso de pesos (Weights), factores (Factors) y parsimonia mixta (Wagner-C-S Mix). Al guardar los datos, las dos primeras opciones y la última se graban en archivos independientes (se reemplazarán los existentes sin previo aviso). Si se desmarcan estas opciones y se guarda el archivo, los archivos asociados a estas opciones se borrarán automáticamente sin aviso. Introducción de datosÉstos se escriben directamente en la matriz de datos de la pestaña "Datos". Los valores dependerán del programa que se use después, pero habitualmente serán 0 y 1. Tras escribir la celda activa se desplaza automáticamente a la que está inmediatamente a su derecha, por lo que los datos se escriben en este caso de izquierda a derecha. Es posible modificar el orden para que se haga de a abajo pulsando sobre el botón en el que pone "Derecha". Obsérvese que tras pulsarlo ahora pone "Abajo". Este botón indica siempre el orden en el que se están escribiendo los datos. Es posible comprobar la validez de los datos introducidos pulsando sobre "Comprobar datos". En el caso de que exista algún error, éste aparecerá listado en la pestaña "Errores". Los datos se comprueban automáticamente siempre que se abre o se guarda un archivo. Antes de ejecutar alguno de los programas de Phylip es necesario guardar los datos para que las modificaciones introducidas se contemplen en la filogenia. Ejecución de los programas Phylip Antes de ejecutar cualquiera de módulos de
Phylip se puede configurar la casi totalidad de las opciones de Phylip. Se
accede a estas opciones desde la pestaña "PHYLIP!" pulsando el botón
"Opciones de Phylip" o en el botón correspondiente de la barra de
herramientas
Basta con pulsar sobre la pestaña del programa deseado y modificar las opciones que aparecen marcadas por defecto. Las modificaciones se recuerdan de una vez a otra ya que son grabadas en el disco de forma automática cada vez. Para volver a las condiciones iniciales hay que pulsar el botón "Restablecer valores por defecto" en la pestaña del programa que queramos devolver a su situación original. Si deseamos restablecer todas las opciones de todos los programas a la vez hay que pulsar el botón "Restablecer todas las opciones" Se han omitido las siguientes opciones:
Es importante saber que el archivo que deseamos usar en la filogenia debe estar forzosamente guardado en la carpeta Phylip. Si todavía no lo hemos hecho hay que pulsar CTRL+P (también "Archivo, Guardar en el directorio Phylip"). Una vez modificadas todas las opciones deseadas y guardado 'infile' en la carpeta Phylip debe elegirse el programa que se va a ejecutar de la parte izquierda y pulsar el botón "Ejecutar".
Una vez finaliza la ejecución del programa Phylip se puede elegir los siguientes botones para ver los resultados. "Abrir outfile", "Abrir Outtree" y "TreeView". Si se ha producido algún tipo de error tanto al abrir 'outfile' como 'outtree' aparecerán vacíos. Cuando suceda esto la mayoría de las veces se deberá a una incongruencia en las opciones del menú del programa Phylip. Por ejemplo, indicar que deseamos usar los estados ancestrales (opción A) cuando éstos no existen producirá resultados nulos con 'outfile' y 'outfile' vacíos. Importante: El programa CLIQUE usa el sistema antiguo de archivos por lo que no se podrán utilizar archivos 'infile' guardados con el editor PhylEdit que contengan factores, ancestros o parsimonia mixta. Si no contienen este tipo de datos se puede usar como un programa más. El archivo 'infile' se puede manipular manualmente desde la pestaña PHYLIP! para poder usar CLIQUE con factores, ancestros o parsimonia mixta. En la página http://evolution.genetics.washington.edu/phylip/doc/clique.html hay un ejemplo de cómo deben ser los archivos. El programa FACTOR utiliza un sistema diferente para los archivos 'infile' que tampoco puede elaborarse con el editor de PhylEdit. Igual que con CLIQUE se puede usar la pestaña PHYLIP! para modificar el archivo. Puede verse el tipo de archivo necesario en http://evolution.genetics.washington.edu/phylip/doc/factor.html "Opciones>>": A través de este botón se accede a determinadas operaciones con archivos, todas ellas se realizan en la carpeta de Phylip.
Archivos generados por PhylEditPhylEdit crea numerosos archivos para su propio funcionamiento y el de Phylip:
Todos estos archivos se pueden borrar sin reportar mayor problema que el derivado de la pérdida de las opciones de Phylip y PhylEdit.
'infile' está controlado por el usuario (puede crearlo nuevo, modificarlo o borrarlo), los otros tres los crea y elimina PhylEdit, sin confirmación, según los datos indicados en PhylEdit. Todos estos archivos se guardan en la carpeta que indiquemos al guardar 'infile' pero para que se puedan usar con la filogenia hay que guardarlos en la carpeta Phylip, para ello pulsar CTRL+P (también "Archivo, Guardar en el directorio Phylip").
Métodos abreviados de tecladoOperaciones con archivos:
Ejecución de programas:
Formato:
[Ir a la página principal de PhylEdit]Fecha de la última actualización martes, 15 de junio de 2004
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© 1997-2005 Juan José de
Haro |
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Las opciones son las siguientes:
. También es
posible acceder directamente a las opciones de cualquiera de los programas
pulsando sobre el menú "Herramientas, Opciones de Phylip". Se obtiene
la siguiente ventana:
