Los botones para ejecutar Phylip o TreeView aparecen desactivados y no puedo ejecutar ninguno de los programas.

    Esto es debido a que PhylEdit no encuentra los módulos de Phylip o TreeView. Pulsa sobre "Herramientas, Opciones de PhylEdit" y pulsando el botón "Cambiar" indica la carpeta donde se encuentra Phylip o TreeView. Todos los módulos de Phylip deben estar en la misma carpeta.

La filogenia que obtengo no se corresponde con los datos con los que estoy trabajando ¿qué sucede?

    Estás trabajando con unos datos que están en una carpeta diferente a la de Phylip. Los datos deben guardarse en la misma carpeta donde se encuentra Phylip antes de usarlos. Pulsa CTRL+P para que se guarden automáticamente en esa carpeta.

    También es posible que aunque estés trabajando en la carpeta correcta el nombre del archivo de datos no lo sea. Debe tener el nombre 'infile', si le has puesto otro, pulsa sobre "Archivo, Guardar como" y dale el nombre correcto.

Cuando pulso el botón ejecutar obtengo un mensaje que me indica que no existe el archivo 'infile', sin embargo sí que existe y ya lo he grabado

    Para que puedas ejecutar los programa el archivo 'infile' debe estar guardado en la misma carpeta que Phylip. Pulsa CTRL+P para que se grabe automáticamente el la carpeta correcta.

Cuando abro el archivo 'outfile' o 'outtree' aparecen los dos vacíos

    Esto se produce cuando el módulo de Phylip que intentas ejecutar encuentra algún error que le impide continuar. Muchas veces es debido a una incongruencia en las opciones de Phylip, debes revisar las opciones para ese módulo. Pulsa "Herramientas, Opciones de Phylip" y selecciona el módulo que deseas utilizar.
    Un error frecuente es tener activada la opción "A", "X" o "W" cuando no hemos suministrado información sobre el ancestro, la parsimonia mixta de Wagner-Camin-Sokal o los pesos, respectivamente.

No consigo resultados, siempre obtengo 'outfile' y 'outtree' vacíos

Para depurar errores que se resisten, marca la opción para omitir las opciones de Phylip, ejecuta el programa que da el problema e introduce las opciones manualmente, de este modo podrás ver el mensaje de error que proporciona Phylip.

Cuando se ejecuta PARS, PhylEdit se maximiza antes de tiempo y el archivo 'outfile' aparece incompleto. Si está activada la opción para ejecutar TreeView automáticamente, se produce un mensaje indicando que no se puede activar debido a que 'outtree' está vacío.

PhylEdit averigua el momento en el que terminan los programas de Phylip examinando el tamaño del archivo 'outfile'. Cuando este archivo tiene algún contenido PhylEdit lo toma como indicación de que ya se han escrito los resultados y por tanto que el programa de Phylip ya ha terminado. Según las opciones que tengamos activadas PARS escribe parte de los resultados antes de terminar el análisis por lo que PhylEdit detecta erróneamente que ya ha finalizado su ejecución. En estos casos se puede desactivar la opción para minimizar PhylEdit o esperar a que termine PARS y abrir 'outfile' manualmente y ejecutar TreeView también manualmente.

Quiero omitir las opciones de Phylip en PhylEdit y ponerlas directamente a mano en Phylip. ¿Cómo se hace?

    En la pestaña PHYLIP! hay una opción a la izquierda que pone "Omitir las opciones de Phylip", márcala.

¿Puedo usar Phylip 3.5 con PhylEdit?

    PhylEdit sólo trabaja con la versión 3.6. No obstante puedes usarlo siempre que no utilices  ancestors, weights o parsimonia mixta. Hay algunas opciones de los menús que no son compatibles pero si dejas estas opciones que son diferentes con su valor por defecto, en teoría debe funcionar igual. Te aconsejo que te pases a la versión 3.6 contiene numerosas mejoras.

¿Puedo abrir archivos de la versión 3.5 con PhylEdit y convertirlos a la versión 3.6?

    Sí, PhylEdit lee los archivos de la versión 3.5. Al guardarlos de nuevo se guardarán en la versión 3.6.

¿Debo registrar PhylEdit? ¿Qué ventajas tiene para mi?

    Sí, debes registrarlo. Podría impedir la descarga hasta que no se hubiese registrado el programa, o poner un límite de 30 días en su uso... pero no lo he hecho. El registro es la única forma que tengo de saber si se está usando y cuánta gente lo hace. Todos los registrados reciben soporte técnico directo del autor y están informados de las nuevas versiones de PhylEdit y Phylip. Registrar PhylEdit

¿Cómo se cita PhylEdit en una publicación?

de Haro, J.J. 2002. PhylEdit: Inferencia filogenética con Phylip. Versión 2.0. [programa informático on-line] <http://www.terra.es/personal7/jjdeharo/phyledit> 

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