La Flotilla de Submarinos española está al mando de un capitán de navío del Cuerpo General de la Armada "COMSUBMAR", antiguo comandante de submarinos, que auxiliado por un Estado Mayor, ejerce la función de Autoridad Operativa de Submarinos española "SUBOPAUTH", dentro de la OTAN.           El Estado Mayor se encuentra bajo el mando de un capitán de fragata al que además de haber sido comandante, se le exige ser diplomado de Estado Mayor. Esta compuesto por seis secciones: ORGANIZACIÓN Y PERSONAL. INTELIGENCIA. COMUNICACIONES. OPERACIONES. APROVISIONAMIENTO. ENERGIA Y PROPULSIÓN.           Con un capitán de corbeta especialista en submarinos al frente de cada una de ellas, excepto en la de aprovisionamiento en la que hay un comandante del cuerpo de Intendencia.           La Base de Submarinos, bajo el mando del 2º Comandante, capitán de fragata antiguo comandante de submarinos, es el jefe de los servicios de la Base que con la cooperación del ayudante mayor, se encarga de prestar el apoyo necesario a los submarinos y sus dotaciones.           Escuela de Submarinos, cuyo jefe de estudios es el 2º Comandante del que dependen los diferentes departamentos: SIMULADORES. SECRETARIA TÉCNICA. OVAS.           La Base de Submarinos cuenta con unos talleres de mantenimiento para la carga de baterías, electricidad, taller de frío, maquinaria, pintores, calderería etc., que orgánicamente dependen del Almirante del Arsenal de Cartagena, aunque su misión consiste en apoyar, como segundo escalón de mantenimiento, a los submarinos.