En el marco del Instituto se desarrollan o apoyan una variedad de líneas de investigación, tanto mediante grupos de investigación estables, como a través del co-patrocinio o convenios con Unidades de Investigación en centros u organismos públicos de enseñanza superior e investigación. También se presta soporte a la realización de las investigaciones doctorales de los miembros del Instituto, en todas sus categorías.

Los Grupos de Investigación Estables que han desarrollado actividad en el marco del Instituto son:

> Grupo VITA (Investigación de la Teoría Analítica), coordinado por el Prof. Dr. Antonio García de la Hoz.

Se han mantenido los siguientes Convenios de Investigación:

• Con la Unidad de Investigación en Psicología Clínica y Psicoterapia de la Universidad de Salamanca, que desarrolla su actividad con el soporte del Ministerio de Educación y Cultura- Subdirección General de Formación y Promoción del Conocimiento, la Junta de Castilla y León y la International Psychoanalytic Association, entre otros organismos.
  
• Dentro del Programa I+D (Ministerio de Educación y Cultura- Subdirección General de Formación y Promoción del Conocimiento) se ha realizado investigación en el marco de las Ayudas para el Intercambio de Personal Investigador entre Industrias y Organismos Públicos de Investigación (1994-1998).
• Con el Instituto de Salud Carlos III de la Comunidad de Madrid, para la co-organización de actividades docentes.

Los resultados y aportaciones de las investigaciones se recogen en las publicaciones del Instituto y a través de la participación de sus miembros en Congresos y reuniones científicas.