El altar en que se encuentra se ubica frente a la reja que las separa del templo, es todo de estilo churrigueresco y buena factura, es de pequeñas dimensiones y similar al que se encuentra en del crucero del Santuario Arquidiocesano (Santa Teresa de Jesús), sobre la artística mesa del altar mayor se levantan el único cuerpo central, sobre dos columnas salomónicas, a sus lados volutas ascienden hasta el ático, en la hornacina central - en la parte superior del cóncavo artisticas nervaduras lo adornan rematando en querubines - se levanta una pequeña peana dorada y de forma piramidal, exornado con pequeños espejos, y sobre este descansa la imagen titular de la Santísima Virgen del Carmen de Lima.

Sobre la hornacina se encuentra un pequeño cuerpo, en que se encuentra un lienzo del Señor de la Humildad y la Paciencia. La coronación lo constituyen las volutas y follajes que en armonioso movimiento completan la hermosura de esta obra de arte. En la parte central del ático y como culminación se encontraba hasta antes del derrumbe una hermosa imagen de Santa Teresa de Ávila. A los pies del altar se encuentra una imagen yacente de Santa Teresita del Niño Jesús.

Con el derrumbe del año 2001, el altar quedo seriamente dañado, al igual que todo el recinto. En diciembre de 2003, con motivo del aniversario 360 del Monasterio se inauguró este ambiente totalmente restaurado y la imagen volvió a presidir su altar.