Se fundó la hermandad en 1.690 para el mayor culto y veneración a Dios Nuestro Señor, en su imagen de Jesús, en su segunda caída camino del Calvario, modelada a principios del siglo XVII en ésta entonces Villa de Manzanares a expensas de Dª Catalina Martínez allá por el año 1.608. Como hecho histórico más importante cabe reseñar los hechos acaecidos el Viernes Santo, 31 de marzo de 1.809 cuando el párroco D. Pedro Álvarez de Sotomayor no dudó en llevar la imagen de Ntro. Padre Jesús del Perdón al Cristo de la Agonía ante la inminencia del ataque por parte de las tropas francesas para pedir el perdón para Manzanares.

La actual imagen de Jesús del Perdón es obra del escultor vasco Quintín de Torre Berastegui, venerada imagen entronizada en la Ermita de la Vera Cruz el 29 de agosto de 1942 y que sustituyó a la primitiva imagen de Jesús del Perdón, la cual era en estilo de la escuela sevillana del escultor Martínez Montañés.

El 16 de abril de 1609 procesionó por primera vez, siendo Patrón de esta fidelísima villa de Manzanares desde el 29 de marzo de 1809.

De sus pasos recoger que la Santísima Virgen de la Esperanza fue entronizada en Manzanares el 5 de Abril de 1955, obra del escultor Ortega Bru, y bendecida el 6 de Abril del mismo año, Miércoles Santo por el Padre Manuel de Hontoria. Esta imagen fué donado por los agentes comerciales de Manzanares. La imagen levantó gran espectación entre los fieles a su llegada a Manzanares y alguien la confirmó como la "Macarena" de La Mancha.

Cristo de la Vera Cruz, talla en madera de Ortega Bru, adquirida el 28 de Marzo de 1957, bendecida por el Padre Manuel de Hontoria el Miércoles Santo 2 de Abril del mismo año. Bellísima talla de Cristo agonizante en la cruz y de gran devoción de todos los manzanareños.

San Juan, talla de madera policromada adquirida en 1960 saliendo por primera vez en procesión junto a la Virgen de la Esperanza el Viernes Santo de 1961. Se venera en la Ermita de la Vera Cruz en la capilla del Santísimo Sacramento, con tríduo anual.

Retablo Ermita de la Vera Cruz, bella talla de forma ojival con diversas escenas entrecaladas de la pasión y muerte de Cristo. Fue colocado en 1965 y tuvo la necesidad, una vez instalado, de colocar una hornacina con el fin de facilitar la veneración de la imagen por parte de los feligreses, y que hizo el mismo escultor Ortega Bru.

En la nave central de la propia Ermita se encuentra la Capilla-Cripta, de estilo en ladrillo llagado, con veintidos vitrinas que sirven de Museo donde se pueden apreciar documentos y objetos de gran valor e historia de la Hermandad, propios de la misma y donados por vecinos de Manzanares. Fue inaugurada y bendecida el 14 de septiembre de 1988, solemnidad de Nuestro Padre Jesús del Perdón.